Análisis filogenético y de presión evolutiva de secuencias nucleotídicas del gen VP4 de especies de enterovirus humanos / Phylogenetic and evolutive pressure analyses of nucleotide sequences of VP4 gene of human enterovirus species

El género Enterovirus es un grupo viral que afecta a un amplio rango de hospederos, entre ellos los humanos (especies A, B, C, y D), causan enfermedades respiratorias, gastrointestinales, neurológicas, y otras, y son altamente contagiosos. Los síntomas pueden ser leves o graves. El objetivo del trabajo fue analizar la variación nucleotídica, filogenética y de presión evolutiva de secuencias nucleotídicas del gen VP4 de las cuatro especies que afectan a los humanos. Se emplearon 92 secuencias nucleotídicas disponibles en la base de datos GenBank; éstas se editaron con el software BioEdit y se alinearon con Clustal W; las relaciones filogenéticas se determinaron con MEGA6, y las presiones evolutivas con los algoritmos SNAP y SLAC. Se encontró que la identidad nucleotídica mínima intra-especie fue de 43,2% (especie B) a 72,6% (especie D). Los genotipos más variables por especie fueron EV-71 (A), Echovirus 2 (B), EV-118 (C), y EV-94 (D). El análisis de presión evolutiva mostró que el gen VP4 en las cuatro especies evoluciona bajo presión selectiva negativa. Esto indicaría que la alta tasa mutacional y eventos de recombinación no tienen un rol significativo en la evolución de este gen, debido probablemente a la localización interna de la proteína VP4.

The Enterovirus genus is a viral group that affects a wide host range, including humans (species A, B, C and D), cause respiratory, gastrointestinal, and neurologic disease, amongothers, and are highly contagious. The symptoms range from mild to severe. The objectiveof this study was to perform a nucleotidic variation, phylogenetic and selective pressureanalyses of the VP4 gene from the four enterovirus species that affect humans. Ninety-twonucleotide sequences (available in the GenBank database) were employed; they were edited with Bio Edit software and aligned with Clustal W; the phylogenetic relationships weredetermined with MEGA6, and the evolutive pressures with SNAP and SLAC algorithms. Itwas found an intra-species nucleotide identity of at least 43,2% (species B) to 72,6% (species D). The more variable genotypes by species were EV-71 (A), Echovirus 2 (B), EV-118 (C), and EV-94 (D). The selective pressure analysis showed that VP4 gene of the fourspecies evolves by negative pressure. This would indicate that the high mutation rate andrecombination events do not have a significant role in the evolution of this gene, probablydue to the internal localization of the VP4 protein.

Genética poblacional para el sistema sanguíneo ABO en una población con malaria endémica / Population Genetics for the ABO Blood System in a Population with Endemic Malaria

Introducción: el sistema sanguíneo ABO es un factor de riesgo para la malaria. Esta asociación afecta la estructura genética de poblaciones donde la malaria es endémica. Se desconoce la estructura genética para el sistema ABO en pacientes de Gambia. Objetivo: caracterizar la estructura genética para el sistema ABO de la población gambiana. Métodos: se realizó un estudio transversal en una muestra de 739 individuos admitidos en el Hospital Docente Reina Victoria, Gambia, desde diciembre de 2011 hasta septiembre de 2012. Los grupos del sistema ABO fueron determinados con el uso de antisueros comerciales. Los datos fueron digitalizados en forma de archivos Excel y procesados con el software SPSS y GDA. Resultados: las frecuencias para la grupos A, AB, B y O fueron: 0,24; 0,06; 0,22 y 0,48, respectivamente. Se asumió un equilibrio de Hardy-Weinberg, las frecuencias alélicas estimadas fueron de 0,16; 0,15 y 0,69 para los alelos I A, I B e I O, respectivamente. Esta distribución no mostró desviación significativa del equilibrio genético (p=0,9978). La heterocigocidad observada (H O=0,4804) mostró un ligero incremento respecto a la esperada (H E=0,4796). El mayor valor para el índice de fijación global correspondió al alelo I O (F ST=-0,002594). Conclusiones: existió un ligero incremento en la diversidad genética para el sistema ABO en pacientes de Gambia, que favoreció la transmisión del alelo I O y que sugirió la ocurrencia de cambios micro-evolutivos en respuesta a la presión selectiva impuesta por la malaria endémica, que significó el grupo O protector frente a la infección por el Plasmodium falciparum.

Introduction: the ABO blood system is a risk factor for malaria. This association affects the genetic structure of populations where malaria is endemic. Genetic structure for the ABO system in Gambia is unknown. Objective: to characterize the genetic structure for the ABO system of the Gambian population. Methods: a cross-sectional study was performed in a sample of 739 individuals admitted to the Reina Victoria Teaching Hospital , Gambia , from December 2011 to September 2012. ABO groups were determined using commercial antiserum The data were digitized in the form of Excel files and processed with SPSS software and GDA. Results: frequencies for groups A, AB, B and O were 0.24, 0.06, 0.22 and 0.48, respectively. A balance of Hardy -Weinberg equilibrium was assumed, estimated allele frequencies were 0.16, 0.15 and 0.69 for I A, I B and I O, respectively alleles. This distribution showed no significant deviation from genetic equilibrium (p = 0.9978). The observed heterozygosity (H O = 0.4804) showed a slight increase from the expected one (H E = 0.4796). The highest value for the overall index corresponded to first allele fixation (F ST = -0.002594). Conclusions: there was a slight increase in genetic diversity for the ABO system in Gambia, favoring transmission first allele and suggested the occurrence of micro - evolution changes in response to selective pressure imposed by endemic malaria, which represented the group O protector against infection by Plasmodium falciparum.